Интеграция у всех программ сделана одинаково плохо: чего-нибудь не хватает. Общие принципы:
К программам обычно прилагаются кондуиты.
Кондуиты обычно умеют импортировать или экспортировать данные в .CSV или .QIF
Режим двусторонней синхронизации не поддерживается. То есть какая-то программа (пальмовая или десктопная) должна быть ведущей. Вторая используется только для ввода данных, полного баланса там не бывает.