Интеграция у всех программ сделана одинаково плохо: чего-нибудь не хватает. Общие принципы: 
  * К программам обычно прилагаются кондуиты.
  * Кондуиты обычно умеют импортировать или экспортировать данные в .CSV или .QIF
  * Режим двусторонней синхронизации не поддерживается. То есть какая-то программа (пальмовая или десктопная) должна быть ведущей. Вторая используется только для ввода данных, полного баланса там не бывает.